El query que se genera es algo extenso
select   [Project1].[pue_codigo] as [pue_codigo],
         [Project1].[pue_nombre] as [pue_nombre],
         [Project1].[pue_definicion] as [pue_definicion],
         [Project1].[pue_estado] as [pue_estado],
         [Project1].[pue_fecha_supre] as [pue_fecha_supre],
         [Project1].[pue_edad_min] as [pue_edad_min],
         [Project1].[pue_edad_max] as [pue_edad_max],
         [Project1].[pue_est_civil] as [pue_est_civil],
         [Project1].[pue_sexo] as [pue_sexo],
         [Project1].[pue_objetivo] as [pue_objetivo],
         [Project1].[pue_indicador_cumplimiento] as [pue_indicador_cumplimiento],
         [Project1].[pue_usuario_grabacion] as [pue_usuario_grabacion],
         [Project1].[pue_fecha_grabacion] as [pue_fecha_grabacion],
         [Project1].[pue_usuario_modificacion] as [pue_usuario_modificacion],
         [Project1].[pue_fecha_modificacion] as [pue_fecha_modificacion],
         [Project1].[pue_property_bag_data] as [pue_property_bag_data],
         [Project1].[pue_estado_workflow] as [pue_estado_workflow],
         [Project1].[pue_codigo_workflow] as [pue_codigo_workflow],
         [Project1].[pue_ingresado_portal] as [pue_ingresado_portal],
         [Project1].[pue_rel_interna_todas_cias] as [pue_rel_interna_todas_cias],
         [Project1].[pue_rel_interna_todas_unis] as [pue_rel_interna_todas_unis],
         [Project1].[pue_rel_interna_todos_cdts] as [pue_rel_interna_todos_cdts],
         [Project1].[pue_codncc] as [pue_codncc],
         [Project1].[pue_codgrc] as [pue_codgrc],
         [Project1].[pue_codtpp] as [pue_codtpp],
         [Project1].[grc_codigo] as [grc_codigo],
         [Project1].[grc_nombre_grupo] as [grc_nombre_grupo],
         [Project1].[grc_fecha_grabacion] as [grc_fecha_grabacion],
         [Project1].[grc_usuario_grabacion] as [grc_usuario_grabacion],
         [Project1].[grc_fecha_modificacion] as [grc_fecha_modificacion],
         [Project1].[grc_usuario_modificacion] as [grc_usuario_modificacion],
         [Project1].[grc_property_bag_data] as [grc_property_bag_data],
         [Project1].[grc_codpai] as [grc_codpai],
         [Project1].[C1] as [C1],
         [Project1].[fnp_codigo] as [fnp_codigo],
         [Project1].[fnp_usuario_grabacion] as [fnp_usuario_grabacion],
         [Project1].[fnp_fecha_grabacion] as [fnp_fecha_grabacion],
         [Project1].[fnp_usuario_modificacion] as [fnp_usuario_modificacion],
         [Project1].[fnp_fecha_modificacion] as [fnp_fecha_modificacion],
         [Project1].[fnp_codfre] as [fnp_codfre],
         [Project1].[fnp_codfun] as [fnp_codfun],
         [Project1].[fnp_codpue] as [fnp_codpue],
         [Project1].[fun_codigo] as [fun_codigo],
         [Project1].[fun_descripcion] as [fun_descripcion],
         [Project1].[fun_descripcion_detalle] as [fun_descripcion_detalle],
         [Project1].[fun_fecha_grabacion] as [fun_fecha_grabacion],
         [Project1].[fun_usuario_grabacion] as [fun_usuario_grabacion],
         [Project1].[fun_fecha_modificacion] as [fun_fecha_modificacion],
         [Project1].[fun_usuario_modificacion] as [fun_usuario_modificacion],
         [Project1].[fun_property_bag_data] as [fun_property_bag_data],
         [Project1].[fun_codgrc] as [fun_codgrc],
         [Project1].[fun_codtfn] as [fun_codtfn],
         [Project1].[fre_codigo] as [fre_codigo],
         [Project1].[fre_descripcion] as [fre_descripcion],
         [Project1].[fre_abreviatura] as [fre_abreviatura],
         [Project1].[fre_usuario_grabacion] as [fre_usuario_grabacion],
         [Project1].[fre_fecha_grabacion] as [fre_fecha_grabacion],
         [Project1].[fre_usuario_modificacion] as [fre_usuario_modificacion],
         [Project1].[fre_fecha_modificacion] as [fre_fecha_modificacion],
         [Project1].[fre_property_bag_data] as [fre_property_bag_data]
from     (select [Limit1].[pue_codigo] as [pue_codigo],
                 [Limit1].[pue_codtpp] as [pue_codtpp],
                 [Limit1].[pue_nombre] as [pue_nombre],
                 [Limit1].[pue_codgrc] as [pue_codgrc],
                 [Limit1].[pue_definicion] as [pue_definicion],
                 [Limit1].[pue_estado] as [pue_estado],
                 [Limit1].[pue_fecha_supre] as [pue_fecha_supre],
                 [Limit1].[pue_edad_min] as [pue_edad_min],
                 [Limit1].[pue_edad_max] as [pue_edad_max],
                 [Limit1].[pue_est_civil] as [pue_est_civil],
                 [Limit1].[pue_sexo] as [pue_sexo],
                 [Limit1].[pue_objetivo] as [pue_objetivo],
                 [Limit1].[pue_indicador_cumplimiento] as [pue_indicador_cumplimiento],
                 [Limit1].[pue_codncc] as [pue_codncc],
                 [Limit1].[pue_rel_interna_todas_cias] as [pue_rel_interna_todas_cias],
                 [Limit1].[pue_rel_interna_todas_unis] as [pue_rel_interna_todas_unis],
                 [Limit1].[pue_rel_interna_todos_cdts] as [pue_rel_interna_todos_cdts],
                 [Limit1].[pue_property_bag_data] as [pue_property_bag_data],
                 [Limit1].[pue_estado_workflow] as [pue_estado_workflow],
                 [Limit1].[pue_codigo_workflow] as [pue_codigo_workflow],
                 [Limit1].[pue_ingresado_portal] as [pue_ingresado_portal],
                 [Limit1].[pue_usuario_grabacion] as [pue_usuario_grabacion],
                 [Limit1].[pue_fecha_grabacion] as [pue_fecha_grabacion],
                 [Limit1].[pue_usuario_modificacion] as [pue_usuario_modificacion],
                 [Limit1].[pue_fecha_modificacion] as [pue_fecha_modificacion],
                 [Limit1].[grc_codigo] as [grc_codigo],
                 [Limit1].[grc_nombre_grupo] as [grc_nombre_grupo],
                 [Limit1].[grc_codpai] as [grc_codpai],
                 [Limit1].[grc_property_bag_data] as [grc_property_bag_data],
                 [Limit1].[grc_fecha_grabacion] as [grc_fecha_grabacion],
                 [Limit1].[grc_usuario_grabacion] as [grc_usuario_grabacion],
                 [Limit1].[grc_fecha_modificacion] as [grc_fecha_modificacion],
                 [Limit1].[grc_usuario_modificacion] as [grc_usuario_modificacion],
                 [Join3].[fnp_codigo] as [fnp_codigo],
                 [Join3].[fnp_codpue] as [fnp_codpue],
                 [Join3].[fnp_codfun] as [fnp_codfun],
                 [Join3].[fnp_codfre] as [fnp_codfre],
                 [Join3].[fnp_usuario_grabacion] as [fnp_usuario_grabacion],
                 [Join3].[fnp_fecha_grabacion] as [fnp_fecha_grabacion],
                 [Join3].[fnp_usuario_modificacion] as [fnp_usuario_modificacion],
                 [Join3].[fnp_fecha_modificacion] as [fnp_fecha_modificacion],
                 [Join3].[fun_codigo] as [fun_codigo],
                 [Join3].[fun_codtfn] as [fun_codtfn],
                 [Join3].[fun_codgrc] as [fun_codgrc],
                 [Join3].[fun_descripcion] as [fun_descripcion],
                 [Join3].[fun_descripcion_detalle] as [fun_descripcion_detalle],
                 [Join3].[fun_property_bag_data] as [fun_property_bag_data],
                 [Join3].[fun_fecha_grabacion] as [fun_fecha_grabacion],
                 [Join3].[fun_usuario_grabacion] as [fun_usuario_grabacion],
                 [Join3].[fun_fecha_modificacion] as [fun_fecha_modificacion],
                 [Join3].[fun_usuario_modificacion] as [fun_usuario_modificacion],
                 [Join3].[fre_codigo] as [fre_codigo],
                 [Join3].[fre_descripcion] as [fre_descripcion],
                 [Join3].[fre_abreviatura] as [fre_abreviatura],
                 [Join3].[fre_property_bag_data] as [fre_property_bag_data],
                 [Join3].[fre_usuario_grabacion] as [fre_usuario_grabacion],
                 [Join3].[fre_fecha_grabacion] as [fre_fecha_grabacion],
                 [Join3].[fre_usuario_modificacion] as [fre_usuario_modificacion],
                 [Join3].[fre_fecha_modificacion] as [fre_fecha_modificacion],
                 case 
when ([Join3].[fnp_codigo] is null) then cast (null as int) else 1 
end as [C1]
          from   (select top (1) [Extent1].[pue_codigo] as [pue_codigo],
                                 [Extent1].[pue_codtpp] as [pue_codtpp],
                                 [Extent1].[pue_nombre] as [pue_nombre],
                                 [Extent1].[pue_codgrc] as [pue_codgrc],
                                 [Extent1].[pue_definicion] as [pue_definicion],
                                 [Extent1].[pue_estado] as [pue_estado],
                                 [Extent1].[pue_fecha_supre] as [pue_fecha_supre],
                                 [Extent1].[pue_edad_min] as [pue_edad_min],
                                 [Extent1].[pue_edad_max] as [pue_edad_max],
                                 [Extent1].[pue_est_civil] as [pue_est_civil],
                                 [Extent1].[pue_sexo] as [pue_sexo],
                                 [Extent1].[pue_objetivo] as [pue_objetivo],
                                 [Extent1].[pue_indicador_cumplimiento] as [pue_indicador_cumplimiento],
                                 [Extent1].[pue_codncc] as [pue_codncc],
                                 [Extent1].[pue_rel_interna_todas_cias] as [pue_rel_interna_todas_cias],
                                 [Extent1].[pue_rel_interna_todas_unis] as [pue_rel_interna_todas_unis],
                                 [Extent1].[pue_rel_interna_todos_cdts] as [pue_rel_interna_todos_cdts],
                                 [Extent1].[pue_property_bag_data] as [pue_property_bag_data],
                                 [Extent1].[pue_estado_workflow] as [pue_estado_workflow],
                                 [Extent1].[pue_codigo_workflow] as [pue_codigo_workflow],
                                 [Extent1].[pue_ingresado_portal] as [pue_ingresado_portal],
                                 [Extent1].[pue_usuario_grabacion] as [pue_usuario_grabacion],
                                 [Extent1].[pue_fecha_grabacion] as [pue_fecha_grabacion],
                                 [Extent1].[pue_usuario_modificacion] as [pue_usuario_modificacion],
                                 [Extent1].[pue_fecha_modificacion] as [pue_fecha_modificacion],
                                 [Extent2].[grc_codigo] as [grc_codigo],
                                 [Extent2].[grc_nombre_grupo] as [grc_nombre_grupo],
                                 [Extent2].[grc_codpai] as [grc_codpai],
                                 [Extent2].[grc_property_bag_data] as [grc_property_bag_data],
                                 [Extent2].[grc_fecha_grabacion] as [grc_fecha_grabacion],
                                 [Extent2].[grc_usuario_grabacion] as [grc_usuario_grabacion],
                                 [Extent2].[grc_fecha_modificacion] as [grc_fecha_modificacion],
                                 [Extent2].[grc_usuario_modificacion] as [grc_usuario_modificacion]
                  from   [eor].[pue_puestos] as [Extent1]
                         inner join
                         [eor].[grc_grupos_corporativos] as [Extent2]
                         on [Extent1].[pue_codgrc] = [Extent2].[grc_codigo]
                  where  466 = [Extent1].[pue_codigo]) as [Limit1]
                 left outer join
                 (select [Extent3].[fnp_codigo] as [fnp_codigo],
                         [Extent3].[fnp_codpue] as [fnp_codpue],
                         [Extent3].[fnp_codfun] as [fnp_codfun],
                         [Extent3].[fnp_codfre] as [fnp_codfre],
                         [Extent3].[fnp_usuario_grabacion] as [fnp_usuario_grabacion],
                         [Extent3].[fnp_fecha_grabacion] as [fnp_fecha_grabacion],
                         [Extent3].[fnp_usuario_modificacion] as [fnp_usuario_modificacion],
                         [Extent3].[fnp_fecha_modificacion] as [fnp_fecha_modificacion],
                         [Extent4].[fun_codigo] as [fun_codigo],
                         [Extent4].[fun_codtfn] as [fun_codtfn],
                         [Extent4].[fun_codgrc] as [fun_codgrc],
                         [Extent4].[fun_descripcion] as [fun_descripcion],
                         [Extent4].[fun_descripcion_detalle] as [fun_descripcion_detalle],
                         [Extent4].[fun_property_bag_data] as [fun_property_bag_data],
                         [Extent4].[fun_fecha_grabacion] as [fun_fecha_grabacion],
                         [Extent4].[fun_usuario_grabacion] as [fun_usuario_grabacion],
                         [Extent4].[fun_fecha_modificacion] as [fun_fecha_modificacion],
                         [Extent4].[fun_usuario_modificacion] as [fun_usuario_modificacion],
                         [Extent5].[fre_codigo] as [fre_codigo],
                         [Extent5].[fre_descripcion] as [fre_descripcion],
                         [Extent5].[fre_abreviatura] as [fre_abreviatura],
                         [Extent5].[fre_property_bag_data] as [fre_property_bag_data],
                         [Extent5].[fre_usuario_grabacion] as [fre_usuario_grabacion],
                         [Extent5].[fre_fecha_grabacion] as [fre_fecha_grabacion],
                         [Extent5].[fre_usuario_modificacion] as [fre_usuario_modificacion],
                         [Extent5].[fre_fecha_modificacion] as [fre_fecha_modificacion]
                  from   [eor].[fnp_funciones_por_puesto] as [Extent3]
                         inner join
                         [eor].[fun_funciones] as [Extent4]
                         on [Extent3].[fnp_codfun] = [Extent4].[fun_codigo]
                         inner join
                         [eor].[fre_frecuencias] as [Extent5]
                         on [Extent3].[fnp_codfre] = [Extent5].[fre_codigo]) as [Join3]
                 on [Limit1].[pue_codigo] = [Join3].[fnp_codpue]) as [Project1]
order by [Project1].[pue_codigo] asc, [Project1].[grc_codigo] asc, [Project1].[C1] asc;
La recomendación del tunning advisor es crear un indice y una estadistica
CREATE CLUSTERED INDEX [_dta_index_pue_puestos_c_6_2094630505__K1_K4] ON [eor].[pue_puestos] 
(
    [pue_codigo] ASC,
    [pue_codgrc] ASC
)WITH (SORT_IN_TEMPDB = OFF, IGNORE_DUP_KEY = OFF, DROP_EXISTING = OFF, ONLINE = OFF) ON [PRIMARY]
CREATE STATISTICS [_dta_stat_2094630505_1_4] ON [eor].[pue_puestos]([pue_codigo], [pue_codgrc])
                                         
                                        
Pone un profile ya sea con SQL Profile o con la opción que trae Evolution y revisa el select que ejecuta.